一、以“税负平移”为环境保护费改税原则
1979年颁布的中国环保法(试行)确立了排污费制度，现行环保法对此进行了延续。2003年~2015年，全国累计征收排污费2115.99亿元。排污费制度对于防治环境污染发挥了重要作用，但与税收制度相比，排污费制度存在执法刚性不足、地方政府和部门干预较多等问题，因此有必要进行环境保护费改税。制定环境保护税法将有利于从根本上解决现行排污费制度存在的执法刚性不足、行政干预较多、强制性和规范性较为缺乏等问题，有利于促进形成治污减排的内在约束机制，有利于推进生态文明建设、加快经济发展方式转变。为实现排污费制度向环境保护税制度的平稳转移，草案根据现行排污费项目设置税目，将排污费的缴纳人作为环境保护税的纳税人，将应税污染物排放量作为计税依据，将现行排污费收费标准作为环保税的税额下限。
二、环保税征收对象不包括普通居民
草案规定环境保护税的纳税人为在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他海域，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者(2条)。
企业事业单位和其他生产经营者向依法设立的污水集中处理、生活垃圾集中处理场所排放应税污染物，缴纳处理费用的，由于其不直接向环境排放应税污染物，不缴纳相应污染物的环境保护税在符合国家或者地方环境保护标准的设施、场所贮存或者处置固体废物的，不缴纳固体废物的环境保护税(第四条)。
三、碳污染、光污染暂不纳入征收范围
与现行排污费制度的征收对象相衔接，草案规定环境保护税的征税对象为大气污染物、水污染物、固体废物和噪声等4类(第三条)，具体税目、税额依照本法所附《环境保护税税目税额表》执行(第六条款)。自本法施行之日起，依照本法规定征收环境保护税，不再征收排污费(2十大条)。
同时，省、自治区、直辖市人民政府根据本地区污染物减排的特殊需要，可以增加同一排放口征收环境保护税的应税污染物种类数，报同级人大常委会决定，并报全国人大常委会和国务院备案(第九条)。每种应税大气污染物、水污染物的具体污染当量值，依照本法所附《应税污染物和当量值表》执行(第八条)。
四、将现行排污费收费标准作为环境保护税的税额下限
草案以现行排污费收费标准作为环境保护税的税额下限，规定大气污染物税额为每污染当量1.2元水污染物税额为每污染当量1.4元固体废物按不同种类，税额为每吨5元至1000元噪声按超标分贝数，税额为每月350元至11200元。
同时，兼顾目前部分省、直辖市上调了排污费收费标准且有的省、直辖市收费标准较高的情况，规定省、自治区、直辖市人民政府统筹考虑本地区环境承载能力、污染物排放现状和经济社会生态发展目标要求，可以在《环境保护税税目税额表》规定的税额标准基础上，上浮应税污染物的适用税额，报同级人大常委会决定，并报全国人大常委会和国务院备案。(第六条)
五、征收部门改为税务部门，环保部门协力配合
草案规定：纳税人应当依法如实办理纳税申报，对申报的真实性和完整性承担责任(第十九条)税务机关依法征收管理，环境保护主管部门负责依法对污染物监测管理(第十四条)环境保护主管部门和税务机关应当建立涉税信息共享平台和机制，定期交换有关纳税信息资料(第十五条)。此外，草案对环境保护税应税污染物计税依据的确定方法(第七条)，应税污染物的计算方法和顺序(第十条)，应纳税额的计算方法(第十一条)等作了规定。征收环境保护税不免除纳税人环境违法行为应承担的民事责任、行政责任。
六、五种情形可免征环保税
草案规定了5种免税情形：一是为支持农业发展，对农业生产排放的应税污染物免税，但鉴于规模化养殖对农村环境威胁较大，未将其列入免税范围二是考虑到现行税制中已有车船税、消费税、车辆购置税等税种对机动车的生产和使用进行调节，因此，对机动车、船舶和航空器等流动污染源排放的应税污染物免税三是对依法设立的城镇污水集中处理、生活垃圾集中处理场所向环境达标排放的应税污染物免税，对工业污水集中处理场所不予免税四是为鼓励固体废物综合利用，减少污染物排放，对纳税人符合标准综合利用的固体废物免税五是国务院批准免税的其他情形。(第十二条款)为鼓励企业通过采用先进技术减少污染物排放，草案规定：纳税人排放应税大气污染物和水污染物的浓度值低于国家或者地方规定的污染物排放标准50%的，减半征收环境保护税。(第十三条)